Expandindo o que o @TomaszSzczypel disse - o problema é que o disco rígido está morrendo.
A ação apropriada é fazer uma pequena cópia da unidade o mais rápido possível para recuperar o máximo de dados possível - sugiro strongmente que você encontre uma distribuição Linux adequada e execute (Gnu) DD Rescue para fazer a cópia de bit - você pode querer executá-lo duas vezes - uma vez começando no início, quando ele for lento, pare e inicie ao contrário. Deixe-o pelo maior tempo possível (possivelmente dias) para tentar extrair o máximo de dados possível. Em seguida, trabalhe na unidade clonada ou, de preferência, clone ESSA unidade novamente e trabalhe no segundo clone (para que, se algo der errado durante a recuperação, você possa fazer outro clone e tentar novamente).
Note que só porque você pode ver os dados na unidade, não significa que ela não está danificada - significa apenas que a parte da unidade que indexa os nomes de arquivos está OK.