Thunderbolt é um padrão complexo; e não tenho certeza se está aberto. Acho que você precisaria comprar um chip controlador Intel caro ( DSL6340 , iirc?); e mesmo assim, não é tarefa simples de engenharia elétrica.
Veja desta forma: transferir dados nas dezenas de gigabits por segundo é uma impressionante tarefa de engenharia elétrica. Ainda mais quando você tem um componente ativo negociando e mediando essa comunicação de modo alternativo. Eu acho que este não é um projeto muito acessível em seu banco de casa. : P