Se você estiver usando Linux, você poderá fazer isso na linha de comando usando grep e cut. Isso levará apenas o valor da assinatura do arquivo de texto:
-signature 'cat sigfile.sig | grep 'Signature: ' | cut -d: -f2-'
O comando final seria algo como
openssl dgst -sha512 -verify -inkey key.pub -signature 'cat sigfile.sig | grep 'Signature: ' | cut -d: -f2-' filetoverify
Pode haver uma abordagem mais simplificada para isso, mas não estou muito familiarizado com o openssl.