Suponho que seu laptop esteja no modo UEFI.
Vindo para o seu problema Sim, usando win32diskmanager irá corromper o seu USB, mas ele vai funcionar para UEFI e se ele não funcionar tente um USB diferente.
O Rufus não tornará seu USB inicializável para o Kali Linux (se o seu laptop estiver no modo UEFI), pois o Kali Linux não suporta diretamente a instalação do UEFI. Se você quiser continuar usando o Rufus / UUI você terá que fazer a pasta EFI / BOOT e colocar BOOTx64.EFI e grubx64.efi depois de escrever o seu USB. Mas aqui você terá que instalar manualmente o Kali Linux a partir do terminal GRUB.
E se nada funcionar, tente o Grub2win para instalação.
Espero que ajude você:)