Synergy considera todos os monitores conectados a um computador como um monitor gigante, então não há como fazer com que seu cliente esteja acima de apenas um dos monitores do seu servidor. Quanto à configuração, você pode usar o gui, ou algo como this -
section: screens
myserver:
myclient:
end
section: links
myserver:
up = myclient
myclient:
down = myserver
end
(substitua myserver e myclient pelos nomes de seu servidor e cliente e salve-o como /etc/synergy.conf)