Por estranho que pareça, a causa deste problema tem a ver com a ordem dos dispositivos PCIe no arquivo VMX. Não tenho certeza de como isso afetaria exatamente qualquer coisa, mas claramente acontece após testes repetidos.
Na imagem "SLI Lags" abaixo, essa era a ordem padrão dos dispositivos no menu suspenso. Na imagem "SLI Works", foi a ordem em que eu trabalhei na minha VM 1511.
Após remover e adicionar novamente todos os dispositivos de passagem PCIe da VM de compilação 1607 para corresponder à ordem da VM de compilação 1511, a SLI não fica mais atrasada! Eu também notei que no "laggy" 1607 build VM, no Nvidia Control Panel meu monitor mostrava estar conectado ao GPU # 1, enquanto no "working" VM (e em um bare metal Windows install) ele mostrava estar conectado ao GPU # 2. Isso por si só é estranho, já que a GPU à qual o monitor está conectado está no barramento PCIe da CPU nº 1, e a GPU sem um monitor conectado está no barramento PCIe da CPU nº 2.
Caso alguém esteja curioso, as CPUs são Intel Xeon E5-2660 v2 em um Supermicro X9DAE.
SLI Works
AtrasosSLI
No caso de o Ramhound estar se perguntando sobre a diferenciação de maiúsculas e minúsculas ou algo similar, em todos os casos os dispositivos de passagem PCIe foram adicionados através do vCenter.