Este link foi útil para explicar o anti-aliasing e como isso afeta a forma como um programa exibe imagens e pixels. O PDF não exibe uma imagem por palavra, mas exibe texto baseado em vetor. Quando o texto é convertido em uma imagem, o paint.net precisa descobrir como dividir os pixels e faz isso com o anti-aliasing. É por isso que a borda que não divide os pixels parece boa e os números e o texto ficam sem serrilhado.
Se você quiser que o texto pareça pequeno, provavelmente é melhor usar um editor de texto ou algum programa que possa manipular texto vetorial como palavra, ilustrador etc.