Então eu consegui descobrir uma solução. execute este comando
xmodmap -e 'pointer = 1 0 2 3 4 5 0 0 0 0 0 0 0'
este comando desativará o segundo botão que é o clique do meio. o touch pad não tem um clique do meio, mas de alguma forma, quando você pressiona os cliques extras na parte superior do touch pad, o SO pensa que você está segurando o botão, o que causa alguns problemas, incluindo mau funcionamento do mouse em algumas áreas.
As configurações para o mouse retornarão ao estado padrão para que você tenha que fazer isso toda vez que iniciar.