Edite o arquivo de esquema de cores em ~/.vim/colors/ . Procure por CursorLine .
Pode haver um link entre CursorLine e Cursor , que você desejará comentar usando " no início da linha:
hi! link CursorLine Cursor
Você provavelmente desejará definir CursorLine de uma maneira diferente de como Cursor é definido. Por exemplo, assim:
call s:Color("Cursor", "NONE", s:gray2, "NONE", s:t_gray2)
call s:Color("CursorLine", "NONE", s:black2, "NONE", s:t_gray2)
Isto assume que estas cores estão definidas. Por exemplo, pesquise por s:gray2 em happy_hacking.vim .