Alguns softwares existem para gerenciar e implantar a instalação do msi. A maioria deles destina-se ao uso profissional e pode ser acoplada ao Active Directory e aos GPOs.
Pessoalmente eu conheço as soluções da Altiris, ou WAPT ( link : ele foi projetado para funcionar como o linux Sistema APT).
O problema é que, nos sistemas Windows, os desenvolvedores de software têm muitas maneiras diferentes de criar "instaladores":
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msi para instaladores do Windows
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Instaladores do InstalShield
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instaladores personalizados
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Nenhum Software conseguirá lidar com todos eles de forma nativa, sem personalização.
A propósito, você pode encontrar uma que se adapte às suas necessidades atuais.