Como Ben N aponta, o sistema operacional anterior ao Windows Vista usa o boot.ini. Isso indica que é um arquivo desatualizado!
Dado que a unidade D: \ agora é uma unidade de dados, não uma unidade do sistema para você, é seguro formatá-la. Se você quiser acelerar o processo, você pode reformatar o disco imediatamente, em vez de fazer um select all delete (se você não está preocupado com a segurança de dados, é claro.)