Sequência de inicialização do MBR para Windows 7/8/10:
1) MBR (primeiro setor em disco) do primeiro disco
2) setor de inicialização (primeiro setor na partição) da partição ativa no primeiro disco
3) gerenciador de inicialização do primeiro disco da partição ativa (lê o arquivo BCD)
No BCD (Boot Configuration Data), pode haver qualquer partição primária ou lógica como endereço base para um sistema operacional como o Windows 7/8/10.
A partição ativa pode ser apenas uma partição primária (você não pode ativar uma partição lógica).
O sistema operacional pode residir na partição principal ou lógica em qualquer disco acessível.
Nota: Se o primeiro disco não tiver uma partição ativa, a sequência de inicialização será tentada no próximo disco e assim por diante.
Espero que isso explique sua primeira pergunta.
Para tornar um disco inicializável:
1) Escreva o código MBR do Windows usando o bootsect.exe
2) Escreva o código do setor de inicialização do Windows para a partição ativa (se não houver uma partição ativa, torne a primeira partição primária ativa usando o Gerenciamento de Disco)
bootsect /nt60 N: /mbr
onde N: é partição ativa. Comando cumpre 1) e 2)
3) Use o bcdboot.exe para gravar / atualizar arquivos relacionados à inicialização
bcdboot c:\windows /s N:
onde c: mapeia para a partição OS, N: é partição ativa
Altere as letras das unidades para refletir seus mapeamentos.