zipar e descompactar é um exagero completo.
O mais fácil é usar o Sistema de Arquivos Criptografados do Windows para criptografar os arquivos AHK. Para usar esse recurso, clique com o botão direito do mouse em um arquivo ou pasta, selecione Propriedades e clique no botão Avançado na guia Geral. Ative a opção Criptografar o conteúdo para proteger os dados. Os arquivos são essencialmente criptografados com a senha da sua conta de usuário do Windows, então você os perderá se esquecer sua senha do Windows.