Eu não sei de nenhuma maneira de fazer o cmd excluir o caminho atual. Como uma aproximação, no entanto, você poderia usar o mkdir para criar um diretório vazio no diretório atual, fazer o cd nele, executar o comando, fazer o backup de cd e remover o diretório:
SET _tempdir=%date%%time%
MKDIR %_tempdir%
CD %_tempdir%
REM run commands
...
CD ..
RM %_tempdir%
O diretório vazio pode estar em qualquer lugar que você tenha acesso de gravação, é claro; se estiver em outro lugar que não seja o mesmo diretório, provavelmente será mais fácil usar o pushd para entrar nele e popd para sair antes de removê-lo. Usar um diretório vazio que você acabou de criar parece uma idéia melhor do que copiar para um diretório aleatório, embora - o novo diretório ainda seja o primeiro no caminho, então é melhor usar um que você saiba que está vazio.