Acontece que Florian teve a idéia certa: desabilitar o USB legado no menu de inicialização resolveu o problema, então o teclado e o mouse agora funcionam na primeira inicialização do Windows 7.
Dito isso, por que eles não funcionam com o legado USB ativado na primeira inicialização do win7, mas depois funcionam após uma reinicialização a frio, ainda é um mistério completo.