Sim, os dois são completamente independentes.
Eu tenho um Windows em inglês e instalei quatro outros 'teclados' para poder usar caracteres alemães, espanhóis e franceses conforme necessário. O sistema operacional ainda é exclusivamente em inglês.
Você pode adicionar teclados nas configurações:
Painel de controle \ Relógio, idioma e região \ Idioma \ Adicionar um idioma