Você precisa nos o comando Menu. Quando você suspende o programa, altere o ícone chamando o mesmo comando novamente com um ícone diferente. E quando estiver desusando, chame o comando novamente para mostrar seu ícone normal.
Menu, Tray, Icon, yourregularicon.ico ; to replace H
;....
; suspend
Menu, Tray, Icon, yoursuspendicon.ico ; to replace H
Documentação: link