Tanto quanto eu posso dizer, não deve causar um grande problema, não ter um PSU aprovado pelo Skylake.
Se não tiver estados de baixa potência para a CPU não é um problema para você, eu não me preocuparia com isso. Eu fiz 2 PC builds em torno de CPUs Skylake com "PSUs não aprovados pelo Skylake" e ambos funcionam perfeitamente bem.