Esse problema também tem me incomodado desde que comprei um tablet PC de alta DPI. Felizmente, se a sua tela estiver conectada à GPU da Intel, existe uma solução.
O escalonamento de Xrandr é feito renderizando o conteúdo da tela do X11 em uma imagem Xrender , depois escalando-a e exibindo na tela real. Dito isso, Xrandr não decide realmente como a saída é dimensionada e exibida, tudo depende da implementação da Xrender do driver DDX usado. Eles sempre foram peculiares e agressivos, resultando em problemas de sincronização e desempenho.
O DDX da Intel fornece uma opção não padrão, chamada TearFree , que força a sincronização entre os pixmaps Xrender e a tela (e também introduz alguns problemas de desempenho, por isso não está habilitado por padrão). Você pode ativá-lo criando o arquivo * .conf em /etc/X11/xorg.conf.d / contendo:
Section "Device"
Identifier "Intel Graphics"
Driver "intel"
Option "AccelMethod" "sna"
Option "TearFree" "true"
EndSection