Veja se esta linha de comando ajuda a registrar automaticamente a versão mais recente.
Get-AppxPackage -allusers Microsoft.WindowsCalculator | Foreach {Add-AppxPackage -DisableDevelopmentMode -Register "$($_.InstallLocation)\AppXManifest.xml"}
Observe que o nome da pasta para a versão atual (10586.420) seria:
C:\Program Files\WindowsApps\Microsoft.WindowsCalculator_10.1605.1582.0_x64__8wekyb3d8bbwe