É estranho pelo menos.
A movimentação de arquivos do Windows, na verdade, não move arquivos no servidor, mas atualiza o MFT, mas o Linux precisa copiar o arquivo para o novo local e excluí-lo no antigo. O projeto Samba está usando o protocolo CIFS de engenharia reversa até agora.
Mas se você tiver o servidor Samba no Linux, não pode ser o problema.
Você pode tentar montar o compartilhamento CIFS no Linux e verificar se a movimentação de arquivos ainda leva muito tempo?