Claro, você pode criar um disco de recuperação. O Windows não se preocupa com outros sistemas operacionais ou partições diferentes da unidade C (ou do sistema) ao criar discos de recuperação, executar a recuperação, etc. Limita suas operações à partição do sistema E, às vezes, o Sistema Reservado partições cria-se durante a configuração. Você pode criar um disco de recuperação, inicializá-lo e emitir o seguinte comando no prompt de recuperação para eliminar o GRUB:
bootrec /fixmbr
Depois disso, você pode remover com segurança as partições do Ubuntu.