Sua melhor escolha é treiná-lo para qualquer fonte que você esteja usando.
Eu não quero fingir que este é um processo fácil, não é, mas deve funcionar melhor. Além disso, a maioria dos programas OCR favorece 300dpi ou 600dpi, por isso talvez seja necessário um aumento de escala.
O Tesseract Github Wiki tem alguns bons recursos em Training Tesseract .