O -preset ultrafast
significa muito menos tempo gasto na compactação. Como você está descompactando o arquivo, cortando e compactando novamente, você terá um arquivo maior.
Não há uma maneira fácil de obter a maneira "correta" de processar o arquivo porque seu vídeo de origem já está compactado. O processo exigirá descompressão - > colheita - > recompressão, então você terá que gastar tempo comprimindo ou lidando com um arquivo maior.