Consegui trocar os botões 2 e 3 (os padrões do Linux sempre foram um problema) executando isto:
xsetwacom --set "Wacom Intuos3 6x8 Pen stylus" "Button" "2" "+3"
xsetwacom --set "Wacom Intuos3 6x8 Pen stylus" "Button" "3" "+2"
(no entanto, na minha última inicialização eles pararam de funcionar novamente ... suspiro)