Para desinstalar completamente / remover o WebStorm IDE do Ubuntu, tive que excluir os arquivos .staktop do Webstorm (havia dois arquivos: um no diretório ~/.gnome/apps/
e outro no diretório ~/.local/share/applications/
)
rm -rf ~/WebStorm-145.1616.9/
rm -rf ~/.Webstorm2016.1/
rm -rf ~/.gnome/apps/jetbrains-webstorm.desktop
rm -rf ~/.local/share/applications/jetbrains-webstorm.desktop