Sim, também recebo o erro de estouro aqui. Como sua mistura termina em um segundo, você pode usar o comando abaixo para evitar o erro
ffmpeg \
-loop 1 -t 40 -i img/01.png \
-loop 1 -t 40 -i img/02.png \
-filter_complex "\
[0:v]trim=duration=1[a]; \
[1:v][a]blend=all_expr='A*(if(gte(T,0.9),1,T/0.9))+B*(1-(if(gte(T,0.9),1,T/0.9)))':shortest=1[b1v]; \
[0:v][b1v][1:v]concat=n=3:v=1:a=0,format=yuv420p[vout]" \
-map "[vout]" -pix_fmt yuv420p -r 25 -c:v libx264 -qp 22 -preset ultrafast -shortest out.mp4