Você fornece o diretório como argumento de origem e espera que cp copie os arquivos. Para fazer isso, use a opção -r (recursiva):
sudo cp -r -i /media/owner/ESD-USB/mysql /var/lib/
Isto irá criar (ou sobrescrever o conteúdo) do diretório /var/lib/mysql/ . Você provavelmente quer assim. Caso contrário, se você quiser copiar os arquivos de mysql para /var/lib/ (ou seja, não para /var/lib/mysql/ ), você poderá usar:
sudo cp -i /media/owner/ESD-USB/mysql/* /var/lib/