Quando você executa SET no prompt de comando, você verá o PATH como uma das variáveis. A ordem de execução será baseada nos caminhos listados em ordem.
Se você deseja executar comandos em um executável específico, pode ser necessário usar o caminho explícito no qual o comando existe. Como alternativa, você pode ajustar a ordem PATH para que o cmd.exe examine um caminho específico antes do cygwin.