Eu fiz recentemente uma coisa semelhante. Mudei meu / home inteiro para o SSD (40GB), mas usei bind mount para montar pastas específicas sob ~ para o antigo HDD home (500GB) (agora em / usr / local / storage / home, aqui é onde eu também mantenho outros grandes armazenamentos de áudio, vídeo, imagens), especialmente a pasta Download e Documentos, e algumas coisas de código, que são bastante grandes e não mudam com frequência.
O antigo HDD / home agora é o mesmo de antes, mas ganhou também um pouco de espaço, já que muita coisa foi movida para o SSD.
P.S. você poderia usar o link simbólico para o mesmo sem montar o bind, mas eu gosto da outra solução melhor, já que é melhor esconder o fato de que eles estão em um sistema de partição / arquivo diferente.