A versão online do GitHub mantém um registro dos commits antigos, eu simplesmente não sabia como acessá-los. Para quaisquer futuros leitores: se você tiver o ID de commit que você acidentalmente sobrescreveu, você pode acessá-lo assim:
link
A partir daí, você pode usar o menu suspenso Árvore / Filial para criar um novo ramo a partir desse commit. Isso pode então ser clonado em um diretório local e então você pode mesclar, etc a partir daí.