O Windows e o Linux têm diferentes símbolos de fim de linha.
Você pode instalar o utilitário dos2unix
que o corrige:
sudo apt-get install dos2unix
Execute desta forma:
dos2unix -n winfile.txt linuxfile.txt
Existe também o utilitário unix2dos
.
A conversão do Windows para Linux também pode ser feita sem instalar nenhum software especial
tr -d '\r' < winfile.txt > linuxfile.txt
Observação: Arquivos de entrada e saída devem ser diferentes.
Uma versão sed editará o arquivo "no lugar":
sed -i 's/\r//g' file.txt
Ou escreva para outro arquivo:
sed 's/\r//g' winfile.txt > linuxfile.txt