usando diretamente o putty você não pode acessar o servidor privado. Você precisa fazer o login no servidor bastion e, em seguida, ssh para privado através do servidor bastion. E também tente alterar as permissões de chave para 400, usando o comando chmod.
Então, usando o winscp, compartilhe o arquivo pem com o servidor de bastiões e altere a permissão do arquivo para 400 e, em seguida, tente ssh para privado.