Eu concordo com você em relação à causa, parece que você instalou o gerenciador de inicialização em seu HDD externo, então quando você liga o computador, ele procura a instalação do GRUB para descobrir o que fazer. Naturalmente, se não estiver conectado, o PC não sabe quais opções de inicialização você deve usar.
Vendo que sua instalação ainda está funcionando bem, sugiro conectar o back-in externo, inicializar no Ubuntu e usar Boot-Repair para colocar o bootloader de volta em sua unidade interna. Faça uma leitura das informações a seguir sobre como usá-lo e para que serve: