Você se lembra de ter enviado o seu Mac para uma instalação de hardware personalizada ou algo parecido? ... embora eu não ache que isso seja o problema aqui.
Parece que a integração dos dois não foi perfeita. Talvez um stick USB corrompido ou algo semelhante.
Como você usa principalmente codecs comuns, não é necessário instalar pacotes extras, e talvez esse seja o problema.
Tente desinstalar todos e reinstalar usando uma configuração "como está" - ou seja, basta executar o Ubuntu 15 com o VLC 2.2 - sem pacotes adicionados.