Se o seu avô adicionou apenas anotações (comentários, links, etc.) e, caso contrário, os documentos são os mesmos (página por página), é fácil passar as anotações para a versão corrigida.
Na verdade, é o contrário:
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Abra a primeira versão (PDF1).
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Abra o conjunto de ferramentas Gerenciar Páginas.
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Selecione a ferramenta Substituir páginas.
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Selecione a versão corrigida (PDF2) como documento de substituição.
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Defina para substituir todas as páginas no PDF1 pelas páginas do PDF2.
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Confirme e aguarde até que o Acrobat termine.
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Salve o documento resultante com outro nome.
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Verifique as anotações.
Se (como já foi dito) as páginas são as mesmas em PDF1 e PDF2, agora você tem um documento com as páginas do PDF2 e as anotações do PDF1.