Algumas versões recentes do VLC são conhecidas por terem vários problemas de decodificação em determinados formatos. Tente usar uma versão mais antiga e ela deve funcionar corretamente. Apenas alguns meses atrás eu tive que retroceder a partir da versão atualizada porque estava causando problemas semelhantes. É melhor manter algumas versões mais antigas à mão, apenas no caso.