Se este é o fsck executado automaticamente durante a inicialização, você não pode fazer muito de qualquer maneira - já que você provavelmente não tem nenhum outro shell rodando para manter a manutenção.
Se você cancelar o fsck com SIGINT ou SIGTERM, não deverá haver nenhum dano (adicional). O processo manipula os dois sinais e sai com segurança. Se você tiver que matá-lo (ou forçar a reinicialização), temo que isso não possa ser garantido.
Se você tiver o shell disponível, você pode visualizar o progresso do fsck enviando um sinal USR1 para ele. Por exemplo, seguindo o comando (lançado de diferentes VT):
killall -USR1 e2fsck