Eu prefiro modificar os tamanhos das partições no sistema operacional do host, se eu puder. No entanto, a unidade do sistema é difícil, pois seu conteúdo está constantemente mudando, inclusive durante as verificações de disco, o que provavelmente é o motivo da possível corrupção que você viu.
Portanto, você é forçado a inicializar um sistema operacional diferente para reduzir o disco. Eu não verifiquei, mas você pode ser capaz de executar a operação usando o modo de linha de comando do modo de segurança, mas você precisará usar uma ferramenta de linha de comando, como DiskPart . Se você ainda receber os erros de corrupção, tente inicializar um disco de instalação do Windows e acessar as ferramentas de linha de comando de lá (graças a Ben Voigt por apontar isso).
Se você preferir uma GUI (como eu), você pode usar um disco de diagnóstico do Windows, como o CD de inicialização do Hiren , ou um gerenciador de partições comerciais dos gostos de Paragon , mas a maneira mais fácil é inicializar o Ubuntu Live CD e use gparted . Depois de configurar os tamanhos de partição desejados, você pode prosseguir com a instalação a partir do Live CD sem reinicializar ainda mais (embora você queira reinicializar o Windows primeiro, para se certificar de que ainda está OK).
Esteja ciente de que você está usando software de terceiros, o que poderia ser mais propenso a erros do que usar o Windows nativo, como permitiria um disco de diagnóstico. No entanto, os únicos discos de diagnóstico que eu conheço são baseados em XP e não necessariamente atualizados com qualquer disco recente e alterações no sistema de arquivos, enquanto o Ubuntu parece ser bastante diligente em incorporá-los; assim, um disco de diagnóstico externo baseado no Windows não é necessariamente menos perigoso. Eu usei gparted para este tipo de operação muitas vezes, e eu achei muito confiável, com muita verificação e avisos, se você tentar fazer algo potencialmente desastroso.
Tudo isso contribui para: o que você fizer, faça um backup completo antes de começar !