Descobri que muitas vezes os Fakelinks tendem a ter esse tipo de comportamento. Nenhuma correção existe atualmente que garanta a funcionalidade correta.
Em vez de usá-los, você deve usar a Ferramenta de Preparação do Sistema do Windows (Sysprep) no Modo de Auditoria para realocar corretamente as pastas do usuário para a outra unidade.
Existem guias completos sobre como fazer isso durante a instalação ou após a instalação do Windows aqui .