Acontece que os drivers específicos da Realtek fornecidos no site de suporte da MSI (que são apresentados como mais recentes que os da Realtek por uma margem de 6 meses, então eu não me preocupei em testar os oficiais) são os culpados.
Eu baixei os drivers Realtek mais recentes (R2.79) do site oficial , instalou-os e, desde então, meus fones de ouvido foram reconhecidos corretamente.
Enquanto isso, o suporte on-line da MSI apenas me aconselhou a instalar o software de equalização (Nahimic2), que não faz nada nem melhor que o Realtek Manager padrão. Suporte horrível nessa parte, MSI.