O espaço que você vê não é potencialmente um espaço normal, mas uma aba, um espaço não quebrável ou um de alguns outros caracteres de propósito especial semelhantes (espaço não-órfão?)
Para vê-los, tente ativar a visibilidade para todos os caracteres (o botão se parece com um P invertido).
Você pode copiar um desses espaços em branco "engraçados" (shift e cursor, ctrl + C) e, usando localizar / substituir, colá-lo na fonte (ctrl + V) e colocar um espaço em branco normal no destino; isso deve limpá-los de uma só vez.