Não é realmente uma resposta, mas uma espécie de "trabalho em volta".
Como o sistema operacional host que cria o arquivo zip é um Mac, tentei fazer o upload desse arquivo .zip em um servidor da web Linux que gerencio, depois descompactei o zip e os arquivos foram nomeados corretamente uma vez extraídos.
Então eu reembalei os arquivos em zip e baixei na minha máquina, agora todos os arquivos têm os nomes corretos.
Vou deixar isso aqui como um memorando rápido, espero que existam outras soluções mais práticas do que isso!