Eu criaria um novo ID que é único e incorpora a ordem da aparência dos IDs. Uma maneira de fazer isso seria se o primeiro excel iniciar em A1, então A1 = 'id', então digite E2:
=A2+COUNTIF($A$2:A2,A2)/10000
Escolha o divisor (10000 neste caso) para que seja maior que o número esperado de duplicatas.
Faça o mesmo para ambas as tabelas e, em seguida, você pode usar esses IDs exclusivos para unir as tabelas usando VLOOKUP , INDEX/MATCH , etc.
IFERROR pode ser usado para retornar "" em vez de #N/A para linhas ausentes.