Isso provavelmente é porque essas chaves já estão mapeadas no notepad ++ e causam um conflito.
Para obter uma solução alternativa, basta remapear os atalhos de tecla no notepad ++:% Settings -> Shortcut Mapper por exemplo ctrl + a para ctrl + shift + a
Você provavelmente terá esse tipo de conflito em outros programas, por isso sugiro que encontre outra chave em vez de ctrl para remapear para QUERTY.