Não , a menos que o aplicativo forneça suporte explícito para ele.
Você deve ter notado que o autoscroll no Firefox (ou Chrome) não funciona o tempo todo: se você tentar iniciá-lo em um hiperlink, ele clicou o link no meio, abrindo-o em outra guia. Esse comportamento é definido pelo aplicativo: obviamente, não faz muito sentido abrir algo em outra guia no GIMP!
Da mesma forma, autoscroll é um comportamento definido pelo aplicativo. É para isso que a barra de rolagem está lá!