Se você quiser que seu comando find exclua inodes pertencentes a outros pontos de montagem, inclua -xdev na linha de comando find. O 78898 no final da sua saída é provavelmente mais do que o número total de arquivos visíveis para encontrar na partição rootfs, porque inclui arquivos sob outros pontos de montagem. Isso não explica a discrepância que você perguntou; Significa apenas que a discrepância real é provavelmente um pouco maior.
A primeira coisa a verificar é se você tem arquivos abertos desvinculados. A saída do comando a seguir, executado como root, deve mostrar os seguintes:
lsof +L1
Um exemplo de porque você pode abrir arquivos não-vinculados é um processo que começou antes de atualizações de pacotes que os substituíram por arquivos mais novos (alguns processos sshd em um dos meus sistemas têm arquivos abertos não-vinculados). Outra possibilidade são processos que deliberadamente desvinculam arquivos abertos para ocultar seus conteúdos de outros processos.
Se isso não levar em conta a discrepância, outra possibilidade é que os arquivos que não foram excluídos ainda sejam invisíveis para o comando find, porque eles estão ocultos sob outros pontos de montagem. Existem várias maneiras de investigar essa possibilidade, mas provavelmente faz sentido contar os arquivos excluídos abertos primeiro.