Primeiro, não tenho certeza se é um erro de digitação, mas o comando que você digitou na sua postagem cria um link físico, não um link simbólico. Se não for um erro de digitação, a primeira coisa que você deve tentar é adicionar o sinalizador -s para criar links simbólicos e dar outra chance.
Soa como um bug no próprio WinSCP. Não é assim que os links simbólicos (ou links físicos) devem ser manipulados e duvido que exista algo que você possa alterar no servidor para persuadir o WinSCP a se comportar corretamente.
Como uma correção temporária, você pode tentar trocar seus links simbólicos por links físicos, se puder. O WinSCP não deve ser capaz de estragar tudo. Aqui está uma resposta de stackoverflow explicando as diferenças. A parte importante aqui é que os hard links não podem abranger os sistemas de arquivos, então se você fizer o seu, então você está sem sorte aqui.
Como este é provavelmente um bug, você deve enviar um relatório de erros para que os desenvolvedores do WinSCP o conheçam e possam corrigi-lo em versões posteriores.
Se você não pode usar hard links, e você não pode esperar que o bug seja corrigido, ou se ele não for um bug ou não será corrigido, então você deve dizer ao seu amigo para encontrar outro. programa se ela puder. Talvez scp sob cygwin, ou se ela tem o Windows 10 e está configurada para Inspect Previews, ela poderia tentar o novo subsistema de linux.