Use essa ferramenta.
HDDGURU HDD LLF Ele formata o drive usando um formato de baixo nível.
É uma ferramenta de freeware que eu usei antes.
Ferramenta de formatação de baixo nível LLF HDD
Instale-o e selecione USB .
Clique no Formato de baixo nível e Formate a unidade .
Espero que não volte a ocorrer.
Espero que isso ajude você.