Eles não estão fazendo referência à mesma célula. Eu acho que você quer checar primeiro B52 por 0, então B52 por 1, então todo o resto?
=IF('Attendance Tracker'!B52=0,"Y",IF('Attendance Tracker'!B52=1,"T",IF(OR('Attendance Tracker'!B52>=2,'Attendance Tracker'!D52>=0.1,'Attendance Tracker'!E52>0.1),"N")))
pseudo código
if B52 = 0 then Y (and exit) Else
if B52 = 1 then T (and exit) Else
if B52 > 2 OR D52 >= .1 OR E52 > .1 Then N Else
FALSE
Basta dizer que se B52 for 0 ou 1, ele não verificará D52 ou E52 e você receberá FALSE se nada for verdadeiro.